وبالنسبة للجهة المنوطة باختيار الحكومة قال موسى لبرنامج "عالم سبوتنيك" إن "قوى إعلان الحرية والتغيير ستتشارك مع المجلس العسكري في السلطة وستتشكل الحكومة من مجموعة خبراء وكفاءات مستقلين ليس لديهم أي انتماءات حزبية أو بعد حزبي واضح وبالتالي فالحكومة الجديدة التي ستتشكل لا يتوقع منها أن تخلق نزاعات فيما بينها لوجود برنامج محدد وواضح ستعلن عنه قوى الحرية والتغيير".
وأضاف موسى أن تقاسم السلطة بين المجلس العسكري والمدنيين سيتم على ثلاث مستويات: المستوى الأول هو المجلس السيادي الذي سيتكون من أغلبية من المدنيين وعدد قليل من العسكريين ولكن الرئاسة فيه ستكون دورية بين الطرفين، الفترة الأولى يتولاها عسكريون والفترة الثانية ستكون مسؤولية المدنيين.
المستوى الثاني هو الحكومة ورئاسة مجلس الوزراء وسيكون رئيس الحكومة من قوى إعلان الحرية والتغيير، مشيرا إلى أنه تم ترشيح عدة أسماء ولكن حتى الآن لم يستقر على شخص بعينه.
أما المستوى الثالث هو المستوى التشريعي، وقد تم تعليق هذا الأمر في الاتفاق لحين تشكيل الحكومة و"هذا فيه حكمة من قبل الوساطة، فإكمال المراحل الثلاثة في وقت واحد ربما يثير حفيظة البعض خاصة وأن الوضع الاقتصادي سيئ والأوضاع الأمنية متردية فالأولوية تعود لتشكيل المجلس السيادي والحكومة أولا ثم بعد ذلك يتم النظر في تشكيل المجلس التشريعي".
كان المجلس العسكري وقوي الحرية والتغيير في السودان اتفقا برعاية الاتحاد الأفريقي علي إقامة مجلس سيادي تكون رئاسته بالتناوب لمدة ثلاث سنوات أو تزيد قليلا، وتشكيل حكومة مدنية من كفاءات مستقلة برئاسة رئيس وزراء مستقل، وإرجاء إقامة المجلس التشريعي إلي ما بعد بعد تشكيل الحكومة.
كما اتفق الطرفان على إقامة تحقيق شفاف وطني مستقل في الأحداث التي عاشتها البلاد في الآونة الأخيرة. وينص الاتفاق بحسب ما ذكره تجمع المهنيين على أن يتولى العسكريون رئاسة المجلس السيادي خلال الواحد وعشرين شهراً الأولى بينما يتولى المدنيون رئاسة ثمانية عشر شهراً. ويتكون المجلس السيادي من خمسة عسكريين وخمسة مدنيين، بالإضافة لعضو مدني يتوافق عليه الطرفان.