وأول المساجد المستهدف تطويرها في مكة المكرمة خلال المرحلة الثانية هو مسجد "البيعة"، والذي يقع في "شعب الأنصار" مكان الهجرة التي نتجت عنها هجرة النبي محمد في مشعر منى، وفقا لصحيفة "عكاظ" السعودية، وتصل طاقته الاستيعابية لـ68 مصلي، بينما سيحتفظ بمساحته الأصلية (457.56 متر مربع).
المسجد الثاني هو مسجد "الفتح"، ويقع في محافظة الجموم، والذي يرجح بأن النبي محمد صلى فيه عام الفتح، وستزداد مساحته من 455.77 متر مربع إلى 553.50 متر مربع، بينما سترتفع طاقته الاستيعابية من 218 إلى 333 مصلي.
كما تم اختيار مسجد "الجبيل" ضمن المرحلة الثانية لمشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد الأثرية في المملكة، ويقع في مركز ثقيف جنوبي محافظة الطائف، ويعود تاريخ بنائه لأكثر من 300 عام، وستبقى طاقته الاستيعابية عند 45 مصلي، بينما ستصل مساحته بعد ترميمه إلى 310 متر مربع.
المسجد الرابع هو مسجد "أبو عنبة"، ويقع في حارة الشام بجدة، ويعود تشييده منذ 900 عام، وستتغير مساحته بعد الترميم من 339.98 متر مربع إلى 335.31 متر مربع، ليقل عدد المصلين فيه إلى 357 مصلي، بعد أن كان يتسع لـ360 مصلي.
أما المسجد الخامس فهو مسجد "الخضر"، ويقع بعد نحو 66 كيلو متر من المسجد الحرام، ويعود إنشاؤه لنحو 700 عام، وستكون مساحته بعد الترميم 355.09 متر مربع، وسيتيع لـ355 مصلي.
وتم تدشين مشروع الأمير محمد بن سلمان بغرض حماية النسيج التاريخي للمساجد الأثرية وترميمها، وإطالة عمرها، والحفاظ على سلامة طابعها المعماري المتأثر بتغيرات أنماط مناخ الأرض خلال القرون والعقود السابقة.