بمجرد ظهور الأعراض فإنها تستمر الحالة مدى الحياة، وعلى الرغم من وجود طرق لإدارة الأعراض، إلا أنه لا يوجد علاج حتى الآن.
الأسباب الدقيقة لمرض كرون غير معروفة حتى الآن، وربما يمكن إرجاعها إلى الوراثة والإشارات البيئية (مثل التدخين) والجهاز المناعي المفرط النشاط في القناة الهضمية.
أظهرت الأبحاث أيضًا أن "ميكروبيوم الأمعاء" يلعب دورًا مهمًا في المرض، وهو عبارة عن مجموعة من "البكتيريا" و"الفيروسات" و"الفطريات"، وهي موجودة منذ الولادة وتلعب دورًا مهمًا في ضمان عمل خلايا الأمعاء والأمعاء كما ينبغي. وتساعد أيضًا خلايا المناعة لدينا على العمل بشكل صحيح، بحسب دراسة نُشرت في مجلتي "ذا كونفيرسيشن" و"ساينس أليرت" العلميتين.
تُظهر العديد من الدراسات أن الأشخاص المصابين بـ"داء كرون" لديهم مجتمع أقل تنوعًا من بكتيريا الأمعاء.
قبل الولادة تكون الأمعاء معقمة. لكن "ميكروبيوم الأمعاء" يبدأ بالتطور بُعيد الولادة، من مصادر متعددة مثل حليب الأم والجلد، والبيئة المحيطة.
بعد سن البلوغ، تمتلئ الأمعاء بتريليونات البكتيريا التي، وفقًا لبعض التقديرات، تفوق عدد خلايانا بنسبة 10 لـ1. والتي يمكنها تشكيل الأغشية الحيوية، ثم تتفاعل مع بعضها ومع خلايانا المناعية لخلق حالة صحية متناغمة.
تشير الدراسات إلى أن الأشخاص المصابين بداء كرون لديهم بكتيريا متنوعة في أفواههم بشكل أكبر مقارنة بأولئك غير المصابين.
ليس "كرون" هو المرض الوحيد الذي تتورط فيه بعض "بكتيريا الفم"، فمثلا بكتيريا "البورفيروموناس" اللثوية التي تشارك في أمراض اللثة. أما في سرطان الثدي، تم ربط نواة "البكتيريا المغزلية" في الفم بتسريع نمو الورم.
على الرغم من أن "الميكروبيوم" الفموي قد ارتبط بنشوء وتطور "كرون"، إلا أن الأبحاث لم تحدد بشكل كامل الطريقة الدقيقة التي قد تنتقل بها البكتيريا من الفم إلى أجزاء من الأمعاء.