وقال رئيس الوزراء الإسرائيلي بنيامين نتنياهو، إن إحراق الكنيس في القدس عمل إجرامي صادم، مشددا على ضرورة ألا يسمح بتكرار مشاهد تذكر بفترات مظلمة من التاريخ.
من جهته، وصف وزير الأمن القومي الإسرائيلي إيتمار بن غفير الحادثة بأنّها "مقلقَة للغاية". واعتبر أنّ إحراق الكنيس ورسم الصليب المعقوف عليه يحملان دلالات معادية للسامية، داعياً إلى عدم التسامح مع مثل هذه الأعمال.
ودعا الرئيس الإسرائيلي، إلى إجراء تدابير سريعة وحاسمة للتحقيق في كنيسة الحاخام يوسف، مؤكدا أنه حدث مقلق، كما علق وزير الداخلية الإسرائيلية موشي أربيل، قائلاً إن "محاولة حرق كنيس الحاخام يوسف حادثة مخيفة واعتداء على رمز وطني".