ويضم المتحف أقدم معروضات للحيوانات المحنطة، والهياكل العظمية، بالإضافة إلى مجموعات مختلفة من المومياوات الأثرية التي يصل عمر بعضها إلى 300 عام قبل الميلاد.
ويشغل المتحف الحيواني 3 طوابق داخل حديقة الحيوان بالجيزة، ويضم أكثر من 2000 نوع من الطيور والثدييات والزواحف والجماجم والهياكل العظمية للحيوانات. وقد استغرق تنفيذ المتحف الحيواني 3 سنوات.
كما يحتوي المتحف نوعيات من الحيوانات التي استوطنت في البيئة المصرية من بينها النمر المصري الذي كان يعيش في سيناء، والغزال الأبيض الذى كان موجودا في البيئة المصرية قبل مائة عام، والتمساح النيلي المحنط على الطريقة الفرعونية، وهو نموذج لا يوجد مثيل له في المتاحف العالمية، كما يوجد أيضا طائر أبو منجل، المقدس لدى الفراعنة، الذى انقرض من مصر.
