ووفقا لما قاله المصدر، فإن أحد المخبرين العاملين لصالح الاستخبارات الباكستانية، كشف معلومات عن عملية التحضير للهروب من السجن، وبأن هناك من أبدى اهتماما بمخطط السجن ذاته، ولذلك، "تم نقل أفريدي إلى مكان آمن ومجهول".
وتجدر الإشارة بشأن ملابسات هذه القضية، إلى أنه بعد فترة وجيزة من القضاء على بن لادن، في أيار/ مايو 2011، تحدثت وسائل الإعلام الأمريكية، عن أن نجاح عملية قتل بن لادن، قد اعتمد بالكثير على مساعدة الطبيب أفريدي، الذي بموجب تعليمات من الاستخبارات المركزية الأمريكية، دخل إلى منزل بن لادن، الذي كان يفترض آنذاك بأنه يقيم فيه، وتحت ذريعة وهمية للتطعيم، حصل على عينات الأحماض النووية لأفراد عائلته.
واعترف وزير الدفاع الأمريكي الأسبق، ليون بانيتا، ووزيرة الخارجية هيلاري كلينتون آنذاك، علانية بدور الطبيب أفريدي، في القضاء على بن لادن. بيد أن العملية الأمريكية، التي أجريت دون علم السلطات الباكستانية على أراضيها، تسببت في توجيه الأخيرة، انتقادات حادة ضد واشنطن، وأدت لاحقا إلى تفاقم العلاقات الثنائية بين الدولتين بشكل خطير.
وتم لاحقا، وبموجب قرار صدر عن المحكمة الباكستانية، إيداع أفريدي السجن.
وقد اعتقل الطبيب أفريدي، في أواخر مايو/ أيار 2011، بتهمة خيانة الدولة في إعداد جرعات تطعيم وهمية، وفي وقت لاحق، أعلنت السلطات الباكستانية عن الاشتباه به في اتصالات مع المدعو مانغال باغ، زعيم جماعة "عسكر الإسلام" الإرهابية. وفي عام 2012 صدر حكم على أفريدي بالسجن لمدة 33 عاما، وخفض في وقت لاحق إلى 23 عاما.
وبذلت الولايات المتحدة جهدا للإفراج عن أفريدي، وبدوره وعد الرئيس دونالد ترامب، أثناء حملته الانتخابية في نيسان/ أبريل 2016، بأنه سيفرج عنه "في دقيقتين" إلا أن الطبيب أفريدي لا يزال يقبع في سجن بباكستان حتى يومنا هذا.