ووفقا لبيان النيابة، كانت التحقيقات قد كشفت عن توقف "القطار المميز" قبل مزلقان "السنوسي" الكائن ما بين محطتي سكة حديد "المراغة"، و"طهطا" لعدة دقائق، ثم تحركه متجاوزا المزلقان، وتوقفه مرة أخرى حتى قدوم "القطار الإسباني" من محطة سكة حديد "سوهاج"، واصطدامه بالقطار المتوقف، فوقع الحادث.
وكان سائق "القطار المميز" ومساعده قد ادعيا في التحقيقات ظهور إشارات ضوئية بشاشة التحكم بكابينة القيادة، تفيد انخفاض معدل ضغط الهواء بالأنابيب الواصلة بين عربات القطار مما أوقفه آليًا، وأحالا أسباب هذا الانخفاض إما إلى سحب أحد مقابض الخطر بأي من العربات، أو غلق أحد صمامات تحويل الهواء المضغوط بالمكابح -الجزرات-، وأنه مع بدء ارتفاع معدل ضغط الهواء تحرك القطار متجاوزا "مزلقان السنوسي"، ثم توقف آليًا مرة أخرى بموقع التصادم، فتبين مساعد السائق غلق أحد الصمامات بين العربتين الثالثة والرابعة وصورها بهاتفه، بينما شهد من سُئل من المصابين والركاب والعاملين بالقطار من الكمسارية وأفراد الأمن؛ بعدم رؤياهم سحب أي من مقابض الخطر أو سماعهم الصوت المميز الصادر عن سحبها، وأضاف كمساري تأكده من عدم سحب المقابض بأربع عربات.
وقد قدمت النيابة العامة تلك الأقوال والصور إلى اللجنة الهندسية المشكلة لبحث حقيقة الأمر فنيًا، بينما أكد سائق القطار المميز في التحقيقات إيقافه جهاز المكابح والتحكم الآلي (ATC) أثناء الرحلة، بدعوى تعطيله حركة القطار وتأخير مواعيد وصوله إلى المحطات.
وكانت التحقيقات قد أكدت ترك "رئيس قسم المراقبة المركزية بأسيوط" مقر عمله وقت وقوع الحادث، بالرغم من مسئولية هذا القسم عن مراقبة حركة القطارات بموقع التصادم، بينما أسفرت التحقيقات مع اثنين من المراقبين بالقسم عن إخلالهما بمهام عملهما؛ حيث تأخر أحدهما عن تنبيه سائق "القطار الإسباني" بتوقف "القطار المميز"، وأخطأ في رقم هذا القطار حال بدئه في تنبيه سائقه، بينما لم يوال الآخر محاولات الاتصال بسائق "القطار الإسباني" لتنبيهه، بعد إخفاق محاولتين فقط ادعاهما للاتصال به، وقد أكدت سجلات الاتصالات التي أجراها المذكور المستخرجة من شركة الاتصالات عدم إجرائه المحادثتين اللتين ادعاهما، وكانت النيابة العامة قد استمعت إلى محادثات لاسلكية سجلتها أجهزة الاتصالات بمقر القسم، فتبينت منها تأخر محاولات التنبيه واستمرارها بالرغم من وقوع الحادث.
كما انتقلت النيابة العامة إلى برجي مراقبة محطتي المراغة وطهطا -الواقع الحادث بينهما-، وشاهدت بشاشات المراقبة إضاءات "السيمافورات" بشريط السكة الحديدية بين المحطتين قبل وقوع الحادث، فتبينت إضاءة سيمافورين يقعان قبل موقع التصادم بنحو كيلومترٍ وثلاثمائة وعشرة أمتار، أحدهما مضيء بلون أصفر يعني وجوب تهدئة السرعة، والآخر بالقرب من محل التصادم مضيء بلون أحمر يعني لزوم التوقف، وذلك على خلاف ما زعمه مساعد سائق القطار الإسباني.
وقد عاينت النيابة العامة النقطة التي تُرى منها إضاءة "السيمافور الأحمر" والقطار المتوقف بشريط السكة الحديدية؛ وحددت -بالاستعانة بخبراء هيئة المساحة المصرية- وقوعها على مسافة خمسمائة وخمسة وثلاثين مترًا من موقع التصادم، وأجرت من تلك النقطة ثلاث عشرة محاكاة لاستخدام كافة أنواع المكابح اليدوية بجرار مماثل للمستخدم بـ"القطار الإسباني" حال سيره على سرعة تسعين كيلومترًا في الساعة، فأسفرت النتائج عن توقف الجرار في كل مرة قبل نقطة التصادم، وستعرض النيابة العامة تلك النتائج على اللجنة الهندسية المشكلة لبحثها من الناحية الفنية واستخلاص النتائج النهائية.
هذا، وقد أسفرت مشاهدة النيابة العامة لتسجيلات آلات المراقبة بمحطة سوهاج الكائنة قبل محل الحادث يوم وقوعه عن جلوس مساعد سائق القطار الإسباني بمقعد القيادة، واستلامه بدلًا عن السائق النموذج "سبعة وستين (67) حركة" الصادر من المحطة، والثابت فيه السرعة المقررة بمنطقة الحادث والتي كانت لا تجاوز تسعين كيلومترًا في الساعة، فتحفظت النيابة العامة على النموذج وتبينت فيه الإمضاء باسم السائق بما يفيد الاستلام، فاستكتبت السائق ومساعده على هذا الإمضاء وأثبت تقرير "قسم أبحاث التزييف والتزوير" بمصلحة الطب الشرعي كتابة المساعد الإمضاء بدلًا من السائق، وبمواجهة الاثنين بتلك النتيجة أقرا بواقعة التزوير، وتمسك كل منهما بقيادته القطار وقت الحادث، وقد كلفت النيابة العامة، الإدارة العامة لتحقيق الأدلة الجنائية بفحص نتائج مشاهدة آلات المراقبة المشار إليها للتأكد من صحة ظهور مساعد سائق القطار الإسباني فيها باستخدام تقنية القياسات البيومترية، فتأكد ظهوره بها.
وكان تقرير مصلحة الطب الشرعي وسؤال محرره في التحقيقات قد أسفرا عن عدم تناسب الإصابات المشاهدة والموصوفة بسائق القطار الإسباني ومساعده، مع ما ادعياه في التحقيقات من بقائهما بالكابينة الأمامية للجرار إبان التصادم، وأنه من الجائز تصور مغادرتهما الكابينة قبل وقوعه، وعلى هذا شكلت النيابة العامة لجنة ثلاثية من أطباء مصلحة الطب الشرعي للتأكد من صحة تلك النتيجة، فانتهت اللجنة -بعد معاينة موقع الحادث في حضور السائق ومساعده وبإشراف النيابة العامة إلى صحة ما انتهى إليه التقرير السابق، مُضيفة تصورين آخرين لما حدث هما إما تواجد السائق ومساعده بالممر الفاصل بين الكابينتين الأمامية والرئيسية وقت التصادم، أو تواجدهما بالكابينة الرئيسية -اللاحقة على الأمامية- في ذلك التوقيت، قاطعة بعدم جواز بقائهما بالكابينة الأمامية حسبما زعما.
وكانت قد أسفرت نتائج تحليل تعاطي المواد المخدرة الصادرة من وزارة الصحة عن تعاطي كل من مراقب برج محطة "المراغة" جوهر الحشيش المخدر، وتعاطي مساعد سائق القطار المميز ذات الجوهر وعقار "الترامادول".
كانت تلك نتائج تحقيقات النيابة العامة في الحادث، وجارٍ التصرف في الدعوى فور استكمالها.
