وفي أكبر مسجد في جنوب شرق آسيا، جلس البابا في مقعده، بجانب إمام مسجد جاكرتا الأكبر، نصر الدين عمر، واستمع إلى تلاوة من القرآن أدتها فتاة عمياء ومقطعا من الإنجيل، ثم خطب في الحاضرين الذين كانوا من ممثلي الطوائف الست المعترف بها رسميا في إندونيسيا (الإسلام والبروتستانتية والكاثوليكية والبوذية والهندوسية والكونفوشيوسية).
وحذر البابا وإمام جاكرتا الأكبر، من استغلال الدين لتأجيج الصراعات، وذلك قبيل قداس من المقرر أن يقيمه الحبر الأعظم البالغ 87 عاما أمام عشرات آلاف الأشخاص في ملعب لكرة القدم في العاصمة الإندونيسية.
ووقّع البابا والإمام الأكبر، في المسجد، على نداء مشترك في إحدى أهم المحطات الأخيرة للزيارة البابوية ومدتها ثلاثة أيام إلى الأرخبيل الذي يعيش فيه أكبر عدد من السكان المسلمين.
وكانت مسألة الحوار بين الأديان أهم مواضيع هذه الزيارة ودعا الإعلان المشترك إلى "تعزيز الانسجام الديني من أجل خير الإنسانية"في أكبر مسجد في جنوب شرق آسيا.
وزار البابا فرنسيس عدة مرات دولا ذات أغلبية مسلمة ووقع في 2019 في أبوظبي وثيقة حول الأخوة الإنسانية مع شيخ الأزهر.