ووجّه البرهان انتقادات شديدة للمؤتمر الوطني والحركة الإسلامية، في ظل الصراع الذي يدور داخلهما في الآونة الأخيرة، بعد تسمية رئيس جديد للمؤتمر الوطني المحلول، مشيرًا إلى أن "القوى السياسية لم تستطع التوحد من أجل مساندة القوات المسلحة في الحرب، ولازالت مستمرة في صراعاتها حتى الآن".
ونقل موقع "سودان تربيون"، كلمة البرهان، في المؤتمر الاقتصادي الأول لمواجهة تحديات الحرب، قال فيها: "سمعنا في الأيام الماضية أنّ المؤتمر الوطني يريد عمل شورى، نحن نرفض هذا الأمر، ولن نقبل بأي عمل يهدد وحدة السودان أو يهدد وحدة المقاتلين".
ونفى البرهان "وجود انتماءات حزبية داخل الجيش"، مضيفًا: "نحن لدينا هدف نريد أن نمشي له متماسكين، نمشي له موحدين، وهي هزيمة هؤلاء المتمردين والقضاء عليهم، بعد ذلك نجي نقعد نشوف. نحن رؤيتنا واضحة لأي زول يريد مساعدتنا، ونقول له يجب أن تتوقف الحرب أولاً وأن يخرج المتمردون من المناطق التي يحتلونها، ويذهبوا إلى مناطق تجمع متفق عليها، وتعود الحياة المدنية وعودة الناس لمنازلهم وفتح الممرات والطرق للإغاثة، ثم بعدها ننظر في الشأن السياسي".
وأكد البرهان أنه ليس لديه أي اعتراض على استكمال الفترة الانتقالية كما اتفق عليها سابقاً، من قبل حكومة مدنية من المستقلين يتوافق عليها السودانيون جميعاً، ويتشاركون فيها ليقرروا مصيرهم من خلال حوار سوداني – سوداني، يقررون فيه إدارة بلدهم.
وشدد رئيس مجلس السيادة السوداني على أنه في ظل هذه الحرب، من المبكر الخوض في مسارين الأمني والسياسي مع بعضهما في وقت واحد.