وقد أمرت المحكمة، بإحالة أوراق مرسي إلى المفتي، لأخذ الرأي الشرعي بإعدامه في اقتحام سجن وادي النطرون، إبان ثورة 25 يناير/كانون الثاني، وتم تحديد جلسة 2 يونيو/حزيران للنطق بالحكم.
وطبقا للقانون المصري، فإن الإحالة إلى مفتي الديار، تعتبر تمهيداً لحكم الإعدام، خصوصا وأن رأي المفتي بالنسبة للقاضي، استشاري ويملك القاضي الحق في عدم الأخذ به.
ويعود اتهام مرسي باقتحام السجون إلى قرار رئيس محكمة جنح مستأنف الإسماعيلية، بإحالة أوراق قضية الهروب من سجن وادي النطرون للنيابة العامة لاتخاذ قرار حيال ما تقدم من وقائع، متهما قيادات جماعة الإخوان وأطراف خارجية، منها حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني.
وأُسند إلى المتهمين ارتكابهم جرائم خطف عناصر ضباط وأفراد من الشرطة، واحتجازهم في قطاع غزة، وحمل الأسلحة الثقيلة لقتال النظام المصري، وارتكاب أفعال عدائية تؤدى إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها، والقتل والشروع في قتل ضباط وأفراد الشرطة، وإضرام النيران في مبان حكومية وشرطية وتخريبها، واقتحام السجون ونهب محتوياتها، والاستيلاء على ما في مخازنها من أسلحه وذخائر، وتمكين المسجونين من الهرب.
وبلغت جلسات محاكمة مرسي وقيادات مكتب الإرشاد 50 جلسة، بدأت اولاها في 10 نوفمبر 2013، حتى وصلت اليوم لقرار إحالة المتهمين إلى المفتي.
وتشير تقارير لجنة تقصي الحقائق حول أحداث ثورة 25 يناير إلى أن أحداث شغب اندلعت بسجن وادي النطرون في 29 يناير/كانون الثاني 2011، الذى كان يضم مجموعة من المعتقلين السياسيين، امتدت إلى سجون أخرى ملحقة.
وأضاف التقرير بأن مجموعة من العناصر المسلحة داهمت الأسوار الخارجية للسجون، وتمكنت من هدم البوابة الرئيسية مستخدمة جرافة، كما أطلقت النيران بكثافة على أبراج الحراسة، واتجهت هذه المجموعة إلى سجن ملحق بليمان وادى النطرون، وكان بداخله عدد من المساجين السياسيين، وتمكنت من السيطرة على السجن وإخراج من بداخله.