وذكرت صحيفة "سودان تربيون" أن البشير أعفى صلاح قوش من رئاسة جهاز الأمن والمخابرات في أغسطس من العام 2009. وسرت معلومات قوية وقتها بأن قرار الإقالة يقف وراءه الفريق طه عثمان مدير مكتب رئيس الجمهورية السابق، وذلك بعدما أقنع طه الرئيس البشير بأن قوش يتجسس على هواتفه، بما في ذلك التي يستخدمها طه في التواصل مع وداد بابكر زوجة البشير، ما كان سببا بحسب دوائر مقربة من القصر الرئاسي في إبعاده وتعيين نائبه محمد عطا مديرا للجهاز، على ما تقوله صحيفة "الراكوبة".
بعدها أوكل البشير إليه مستشارية للأمن، لإدارة حوار مع القوى السياسية المعارضة، لكن خلافات متعاظمة نشبت بينه ومساعد الرئيس وقتها نافع علي نافع، حتمت إقالته من المستشارية وتجريده من مناصبه التنفيذية والتنظيمية، وفقا للموقع السوداني.
وفي نوفمبر من العام 2012، اعتقل قوش مع عدد من كبار الضباط المنتمين للإسلاميين في جهاز الأمن والمخابرات والقوات المسلحة، أبرزهم العميد محمد إبراهيم عبد الجليل الشهير بـ "ود إبراهيم" لكن الأخير وعدد آخر من الضباط أفرج عنهم بعد وقت وجيز عقب ادانتهم أمام محكمة عسكرية خاصة، بموجب عفو رئاسي.
وبعد إخلاء سبيله قال "قوش" إنه "ما زال ابن الإنقاذ منها وإليها وفيها ولم تتغير مبادئه وابن الحركة الإسلامية والمؤتمر الوطني"، وظل بعيدا عن عداء النظام وقيادته، وانخرط في العمل البرلماني.
وأشارت تحليلات وقتها الى أن "قوش" الذي يوصف بأنه أحد رجال الإنقاذ الأقوياء، خرج من جهاز الأمن بعد أن مكث فيه لعشر سنوات، وتمكن من الاحتفاظ داخله بعلاقات وثيقة ومتشابكة، وتكمن خطورته من هذه العلاقات التي كونها في جهاز، بحسب "سودان تربيون".
ويحتفظ الرجل أيضا، بعلاقات وثيقة مع دوائر وأجهزة استخبارات إقليمية ودولية، وبعلاقة وثيقة مع الاستخبارات الغربية، ولا سيما المخابرات المركزية الأمريكية "CIA" التي تعاون معها جهاز الأمن السوداني في مجالات مكافحة الإرهاب إبان إدارته له.
ويأتي تعيين مدير جديد لجهاز المخابرات السودانية في وقت تقود فيه السلطات الأمنية حملة ضد تظاهرات معارضة اندلعت في بداية العام الجاري احتجاجا على ارتفاع أسعار السلع الغذائية وفي مقدمتها الخبز.
