وقد تحفظ مندوب قطر السفير على "البند الثاني" من البيان، الذي جاء فيه:
" التأكيد مجددا على ما تضمنته كافة البيانات والقرارات الصادرة عن مجلس جامعة الدول العربية على كافة المستويات بشأن وقوف الدول العربية بكل قوة إلى جانب جمهورية مصر العربية في حربها ضد آفة الإرهاب، وتأييدها الكامل لجميع الإجراءات والتدابير التي تتخذها لمحاصرة هذه الظاهرة الخطيرة والقضاء عليها نهائيا، فإنه يعرب عن تفهمه الكامل للضربة الجوية التي وجهتها القوات المسلحة المصرية ضد مواقع تابعة لتنظيم "داعش" الإرهابي في مدينة درنة الليبية، وذلك بتنسيق وتعاون كاملين مع السلطات الشرعية في ليبيا ردا على هذا العمل الإرهابي الخسيس والجبان."
كذلك تحفظت قطر على "البند الخامس" في عبارتها الأخيرة والتي تقول: "… ورفع الحظر عن تسليح الجيش الليبي".
والتحفظ القطري أثار حفيظة مندوب مصر لدى الجامعة العربية، طارق عادل، قائلا:"تحفظ قطر على "التفهم الكامل" لمجلس الجامعة، لتوجيه مصر ضربة عسكرية ضد مواقع قالت إنها لتنظيم "داعش" بليبيا، يوضح أن "قطر تشذ عن الإجماع العربي… وكشفت عن موقفها الداعم للإرهاب".
وأدان البيان العمل الإرهابي البربري الذي راح ضحيته واحد وعشرون من المواطنين المصريين على يد تنظيم "داعش" الإرهابي في ليبيا، والتأكيد على حق مصر والدولالأعضاء في الدفاع الشرعي عن النفس وحماية مواطنيها ضد أي تهديد.
وأكد على التزام الدول العربية كافة بالعمل على التعاون المشترك لتجفيف منابع التمويل عن التنظيمات الإرهابية، وتقديم كافة أشكال الدعم لمصر والتضامن معها في هذهالحرب التي تخوضها ضد الإرهاب ودعوة المجتمع الدولي إلى تحمل مسؤولياتها الإنسانية والأمنية بالتحرك الفوري الفعال ضد كافة التنظيمات الإرهابية التي ترتبط فيما بينها بروابط فكرية وايديولوجية متطرفة.