وقد افتتح المتحف للمرة الأولى عام 1942، وتعرض للتدمير خلال الحرب الأهلية اللبنانية وأعيد افتتاح الطابق الأرضي والطابق الثاني منه عام 1999 بعد ترميمهما وتأهيلهما.
يضم المتحف حوالي 520 قطعة أثرية تعكس تعاقب الحقب على مدى التاريخ ويتميز الطابق السفلي بمعروضاته المميزة كما تقول حافظة المتحف الوطني آن ماري عفيش لـ "سبوتنيك"، إن "العنوان العريض لهذا الطابق هو"الفن الجنائزي في لبنان عبر العصور" حيث نعرض من الحقبة البيزنطية واجهة رخامية لأحد المدافن الذي اكتشفها المير موريس شهاب في صور، وفي الوسط رسم للسيدة العذراء، وكتابة تؤكد أنه مدفن بروليوس ويعود الى العام 440 أي الحقبة البيزنطية، ولم يعثر على رسم تصويري للعذراء قبل هذا التاريخ، ما يعني أنه الرسم الأول لوجه العذراء المكتشف حتى اليوم في لبنان".
وتابعت:" لدينا أكبر مجموعة نواويس في العالم، لدينا 31 ناووسا من الرخام محفور فيها الوجه الذي يرمز الى الفينيقيين، وتماثيل ونصب مدفنية وكل ما يمكن إيجاده في المدافن من فخاريات وزجاجيات ومجوهرات، وهذه النواويس التي وجدت في منطقة صيدا تعد المجموعة الأكبر من هذا النوع في العالم، وتعود الى الحقبة الممتدة بين القرن السادس والرابع قبل الميلاد".
وأضافت عفيش: "بفضل وبدعم مالي من حكومة إيطاليا التي قدمت مليونا و20 ألف أورو تم افتتاح الطابق السفلي…عملنا فترة سنتين مع فريق عمل إيطالي وفريق المديرية العامة للآثار على القطع الأثرية الموجودة… كل المجموعة المعروضة في المتحف مكتشفة على الأراضي الوطنية… المتحف الوطني يعرض مجموعة وطنية مكتشفة على الاراضي اللبناني".
هذا ويعرض في الطابق السفلي، وللمرة الأولى في لبنان، ثلاث مومياءات محنطة طبيعياً من الفترة المملوكية (القرن الثالث عشر)، حيث اكتشف عدد من علماء المغاور ثماني جثث في مغاور وادي قاديشا، وساهمت العوامل الطبيعية في المحافظة على أجسادهم بالإضافة الى ثيابهم والقطع التي وجدت معهم ومنها المأكولات من قمح وبصل ومشط شعر وفخاريات وغيرها.
وأوضحت عفيش أن أقدم قطعة أثرية معروضة في المتحف هي ضرس لأول إنسان عاش في لبنان وكنا نطلق عليه إسم "الإنسان عاقل عاقل"، أما أجدد قطعة هنا فهي نصب مدفني من الفترة العثمانية باسم فخري أفندي والمؤرخ من العام 1830.
وشددت على أن "المتحف الوطني هو أهم شاهد على التاريخ القديم، وهو تاريخنا وتراثنا ونحن نشجع اللبنانيين على زيارة متاحفهم لأنه كنز للجميع".
