وأوقف أفريدي مباشرة بعد الغارة على بن لادن، واتهم بالارتباط بعلاقات مع متشددين، لكنه نفى ما نسب إليه، وفق ما نقلت وسائل الإعلام الباكستانية.
وذكرت صحيفة "ديلي تايمز"، نقلا عن زاهد حامد، وزيرالعدل، أن العدالة تأخذ مجراها وأن أفريدي يتمتع بكافة الفرص لينال محاكمة عادلة.
وأدين أفريدي في عام 2012، أمام القضاء الباكستاني، بالسجن 33 عاما بعد إدانته بالانتماء لجماعة عسكر الإسلام.
وجرى اعتقال الطبيب شكيل أفريدي، الذي حظي بعبارات المديح من القادة الأمريكيين باعتباره بطلا بعد أن قتلت القوات الأميركية بن لادن في مايو/أيار عام 2011، في مداهمة سرية على بلدة في شمال باكستان، مما أضر بالعلاقات بين الولايات المتحدة وباكستان.