وأبلغت أجهزة الأمن السودانية، في نهاية مايو/ أيار الماضي، مدير مكتب "الجزيرة" بقرار المجلس العسكري الانتقالي إغلاق مكتب شبكة "الجزيرة" في الخرطوم، والتحفظ على الأجهزة والمقتنيات بعد حصرها وتسليمها للسلطات، وفقاً لقناة "الجزيرة".
قال ضباط الأمن إن القرار اتخذ من قبل المجلس العسكري الانتقالي، لكنهم لم يسلموا مدير مكتب "الجزيرة" أي قرار مكتوب.
كما تضمن القرار سحب تراخيص العمل لمراسلي وموظفي شبكة "الجزيرة".
واستنكرت شبكة "الجزيرة الإعلامية" في بيان قرار إغلاق مكتبها في الخرطوم واعتبرته غير مبرر، مؤكدة التزامها بسياساتها التحريرية في تغطية الشأن السوداني ونقل تطورات الأحداث فيه.